Известен с XVII века как Поганые болота (в него сбрасывались отходы располагавшихся неподалеку мясных лавок и боен)[2]. Из пруда вытекала река Рачка, протекавшая на юг и впадавшая в реку Москву у будущего Воспитательного дома. В начале XVIII века вошёл в состав московского имения А. Д. Меншикова, был вычищен и с того времени получил название Чистый пруд или Чистые пруды.
Начиная с 1990-х Чистые пруды стали знаменитым на всю Российскую Федерацию культовым «тусовочным» местом столицы, где собирается богема и неформальные группы, любители альтернативной музыки, в том числе рокеры, металлисты, панки, готы, иногда скинхеды. Обычно отдыхающие люди встречаются у памятника Александру Сергеевичу Грибоедову, пьют пиво и другие алкогольные напитки «на травке», лавочках и у фонтана в западной части Чистопрудного бульвара и называют это место «ЧП», «Чистаки» или просто «Чистые». По городской легенде, подкреплённой многочисленными фактами, правоохранительные органы закрывают глаза на массовое распитие алкогольных напитков в данном общественном месте, в том числе несовершеннолетними. Также являются постоянным местом всевозможных политических митингов и празднований футбольных побед. Часто становятся местом проведения всевозможных флешмоб-акций. В зимний период пруд используется как стихийный ледовый каток